Старейший из сохранившихся храмов города, сооруженный в 1845 г. С момента своего основания церковь относилась к числу походных военных храмов и находлась в ведении Каспийской флотилии, почему и именовалась «Флотской». Храм был устроен при лазарете флотского экипажа, расквартированном в Баку на форштадте. Согласно сведениям генерального плана Бакинской крепости от 1854 г., церковь была посвящена Успению Пресвятой Богородицы. Позже, когда флотский экипаж был перемещен в порт на Баиловский мыс и там был выстроен храм в честь святителя Алексия Москвоского, а вся утварь старого храма была перенесена в новый, оставшееся пустое здание церкви было передано из флотского ведомства в военное. Храм стал приписным к 206 пехотному Сальянскому полку, который имел в своем распоряжении походную церковь в честь Архангела Михаила, которую и предполагалось разместить в пустующем обветшавшем здании. Были проведены масштабные ремонтные работы и в 1892 г. новоустроенный храм был освящен в честь Архангела Михаила. Однако, в народе храм так и продолжали именовать флотской церковью, это название сохранилось и поныне.
С 1936 по 1946 гг. церковь была закрыта и в ней размещалось общежитие.
В 1966 г. в храме случился пожар, в результате которого здание значительно пострадало (остались только нижние этажи и стены). По завершении восстановительных работ по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия I храму из Москвы был передан необыкновенной красоты старинный трехъярусный резной иконостас с иконами палехского письма, два киота с иконами равноапостольных Кирилла с Мефодием и князя Владимира с княгиней Ольгой. Прихожане украсили храм множеством старинных образов.
25 мая 2001 г. во время своего первосвятительского визита в Азербайджан Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II посетил Михайловский храм и совершил в нем молебен.
В 2020-2021 гг. комплекс храма Архангела Михаила был полностью реконструирован и отреставрирован по распоряжению Президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева.
Храмовый комплекс имеет нижнюю церковь, освященную в честь Апостола Варфоломея.
Настоятель – протоиерей Мефодий Эфендиев.
Богослужения совершаются ежедневно утром и вечером.
7905
